Au cours des travaux de déblaiement des ruines, les Pères Jésuites découvrent quelques ossements non identifiables. Le 11 mai 1875 le frère novice Martin Paul de Marcourt effectuant des fouilles en compagnie des ouvriers terrassiers, Antoine Johan et Jean Krier, tous deux de Barnich, découvrent un orifice recouvert d'une pierre et contenant des ossements.
Les restes d'Ermesinde sont par la suite déposés dans un cercueil en
zinc qui renferme aussi la plaque d'étain retrouvée avec les ossements.
Le tout est placé dans un ancien coffre de fer. Le coffre est scellé et placé dans un cénotaphe de bois. Une fausse
serrure en forme de cur est placée au centre de la face avant.
Les religieuses de l'abbaye cistercienne de Clairefontaine ont été
obligées à plusieurs reprises, de déplacer les reliques de leur
fondatrice. Les différentes transformations pour agrandissement ou
assainissement de l'église abbatiale les ont contraintes à déménager
les précieux ossements. Les guerres les ont obligées à les cacher.
Une expertise anthropologique est réalisée par le professeur Van Kempen à l'Université de Louvain.
Bien qu'il manque la moitié des vertèbres et presque tous les petits
ossements des mains et des pieds, le savant reconstitue le squelette
d'Ermesinde au moyen d'attaches métalliques.
La datation au carbone 14, puis l'étude anthropologique de 1998 effectuée par Agnès Malvez a permis de confirmer qu'il s'agit très probablement de la comtesse Ermesinde.
