Il ressort des fouilles archéologiques que les premiers bâtiments de l'abbaye étaient construits au Sud de l'endroit actuel des ruines datées des 15ème - 17 ème et 18 ème siècles.

La première église abbatiale se trouvait sous l'ancienne conciergerie de la maison de campagne des Pères Jésuites.

L'époque de cette première abbaye est marquée par une expansion temporelle continue.

La tradition veut qu'après avoir été fondée, les religieuses de l'abbaye demandent en 1251, leur incorporation au sein de l'Ordre de Cîteaux.

La requête dut recevoir une réponse favorable puisque, le 20 septembre de cette même année, l'archevêque de Trèves reconnaît à l'abbaye les privilèges de liberté et d'exemption dont jouissent à cette époque les moniales cisterciennes.

L'abbaye de Clairefontaine devient "nécropole comtale". A l'instar de Saint-Denis pour les roi de France, le cimetière de la première église abbatiale construite au 13ème siècle devient la nécropole comtale pour les comtes de Luxembourg.

Après Ermesinde, dont les ossements ont été retrouvés par les Pères Jésuites lors des fouilles de 1875, plusieurs de ses descendants ont été enterrés à Clairefontaine.